应用气象学隶属大气科学一级学科。2002年南京信息工程大学气象学二级学科被评为国家重点学科；2008年南京信息工程大学大气科学一级学科被评为江苏省一级重点学科、2011年被评为江苏省高校第一批优势学科，2014年被评为江苏省高校第二批优势学科，2012年教育部第三轮学科评估综合排名位列全国第一。

生态学学科前身为20世纪70年代开展的植物生理学研究，2003年设置专业，2005年获得硕士学位硕士学位授予权，2011年国务院学科调整后具有一级硕士学位授予权，目前是江苏省特色专业建设点。

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